Monfragüe ha pasado por diversos momentos según la protección que se le aplicó. Primeramente, el 4 de abril de 1979 fue declarado parque natural. En 1988 se declaró ZEPA. En julio de 2003 la UNESCO reconoció a Monfragüe como reserva de la biosfera. Y, finalmente, en marzo de 2007 alcanza la categoría de parque nacional.